Le chef d’orchestre Guillaume Bourgogne s’est formé au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris (CNSMDP) où il obtient plusieurs premiers prix dont celui de direction d’orchestre dans la classe de Janos Fürst. C’est également au CNSMDP qu’il suit les master-classes de Pascal Rophé, Vitaly Kataev, Jacques Mercier, John Nelson, Jorma Panula, Gian-Franco Rivoli, Renato Rivolta et David Robertson.
Guillaume Bourgogne est particulièrement actif dans le champ de la création. C’est ainsi qu’il dirige en octobre 2022 la création de l’opéra de Philippe Leroux L’Annonce faite à Marie, avec l’ensemble Cairn à Angers Nantes Opéra et l’Opéra de Rennes (Grand prix du syndicat français de la critique 2023).
Il est directeur musical de l’ensemble Cairn depuis 2002 aux côtés de son directeur artistique le compositeur Jérôme Combier. A la tête de cet ensemble, il enregistre Pays de vent (Motus, Coup de cœur de l’Académie Charles Cros 2005) et Vies silencieuses de Jérôme Combier (æon, Grand prix de l’Académie Charles Cros 2007), Lieux et Non-Lieu de Thierry Blondeau (æon, 2009), Furia de Raphaël Cendo (æon, Coup de cœur de l'Académie Charles Cros 2012), Blanc mérité de Gérard Pesson (æon, 2017, Coup de cœur de l’Académie Charles Cros 2018), Portulan de Tristan Murail (Kairos, 2019) et Bonbori de Noriko Baba (Kairos, 2025). Cairn fait de nombreux concerts dans des festivals de premier plan (Tage für Neue Musik, Zürich ; Présences, Paris ; Fondation Royaumont ; Musica, Strasbourg ; Zeitgemäss, Bludenz ; Ars Musica, Belgique ; Manifeste, Paris ; Darmstadt Ferienkurse…). Il a ainsi dirigé un grand nombre de premières mondiales, comme celles de Seven Lakes Drive et Paludes de Tristan Murail, Carmagnole et Blanc mérité de Gérard Pesson, Vies silencieuses, Gris Cendre et Conditions de lumière, de Jérôme Combier, Double Battery d’Agata Zubel, Tract de Raphaël Cendo, Sobre Paranambucae de Sergio Kafejian ou All Is Forgotten Now de Chris P. Harman.
De 2010 à 2018, il est chef principal de la Camerata Aberta (São Paulo, Brésil), avec qui il enregistre Water Mirror, paru en 2012 sous le label SESC, et récompensé par le Prix Bravo!, ainsi que Sobreluz, paru en 2019. En 2008, il fonde l’ensemble Op.Cit, « Orchestre pour la cité » (Lyon), dont la ligne artistique atypique croise musique classique contemporaine et improvisation, musique du répertoire et créations. L’album Pavages pour l’aile d’un papillon paraît en 2016 chez Onze heure onze (Choc Jazz Magazine), et une version française inédite de Pierrot lunaire de Schönberg en 2024 chez Klarthe.
De 2003 à 2008, Guillaume Bourgogne dirige l’Orchestre Gulbenkian (Lisbonne) plusieurs fois par an. Dès les années 2000, il est également invité par des orchestres comme l’Orchestre philharmonique de Nice, l’Orchestre philharmonique de Séoul, l’Orchestre national de Lille, l’Ensemble TIMF (Corée du Sud), l’Orchestre national Bordeaux-Aquitaine, l’Orchestre de Basse-Normandie et par des ensembles tels que Contrechamps (Genève), l’Ensemble Intercontemporain, Court-circuit, L’Itinéraire, 2e2m (Paris), Israel Contemporary Players (Tel Aviv), Mosaik (Berlin), Sond’Ar-te Electric Ensemble (Lisbonne), L’Ensemble orchestral contemporain (Lyon), Linea (Strasbourg). A la tête de ces formations, il dirige dans toute l’Europe, et dans les grands festivals mondiaux : Berlin (Märzmusik), Aix-en-Provence (Festival d’art lyrique), Wroclaw (Musica Electronica Nova, Pologne), Lisbonne (Musica viva, Portugal), Séoul et Tongyeong (Tongyeong International Music Festival, Corée du Sud), Pékin (Beijin International Composition Workshop, Chine) Luxembourg, Genève (Archipel), Mexico (Radar), Le Caire et Alexandrie (Egypte), Toronto et Montréal (Canada), Sao Paulo et Campos do Jordão (Brésil).
Il est nommé professeur à la Haute école de musique Vaud Valais Fribourg (HEMU) de Lausanne en septembre 2022 et devient directeur artistique et musical de l'Ensemble contemporain de l'HEMU après avoir été professeur assistant puis agrégé à l’École de musique Schulich de l'Université McGill (Montréal, Canada) et directeur artistique et musical du McGill Contemporary Music Ensemble de 2013 à 2022. Depuis 2021, Guillaume Bourgogne est également formateur au Pôle d’enseignement supérieur musique/danse de Bordeaux Nouvelle-Aquitaine.