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Miladinovic Sasa

Miladinovic Sasa

Professeur-e HES Associé-e

Compétences principales

Mass spectrometry

Proteomics

Metabolomics

Bioanalysis

AI/ML tools

Liquid chromatography

Small molecule analysis

Réalisations phares

Publications
Green analytical chemistry: integrating sustainability into undergraduate education
Recherche
AIM-MS: AI-driven LC-MS for Biopharmaceutical Analysis
Recherche
Discovery of early-stage biomarkers for a periodontitis point-of-care diagnostic
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  • Conférences

Contrat principal

Professeur-e HES Associé-e

Bureau: ENP.19.N506

HES-SO Valais-Wallis - Haute Ecole d'Ingénierie
Rue de l'Industrie 23, 1950 Sion, CH
HEI - VS
Domaine
Chimie et sciences de la vie
Filière principale
Ingénierie des Sciences du vivant

Saša M. Miladinović a obtenu son doctorat en chimie analytique à l'University of Arkansas (États-Unis) sous la direction du Professeur Charles L. Wilkins, avec des travaux portant sur la spectrométrie de masse à haute résolution appliquée aux polymères synthétiques. Il a ensuite effectué deux séjours postdoctoraux : à l'EPFL Lausanne, dans le laboratoire du Professeur Yury Tsybin, sur la spectrométrie de masse top-down à haute résolution de protéines et de peptides intacts, puis à l'ETH Zürich, auprès du Professeur Ruedi Aebersold, sur la protéomique quantitative ciblée et non ciblée.

Après plusieurs années dans l'industrie en tant que chercheur, où il a développé des méthodes bioanalytiques quantitatives par LC-MS pour de petites molécules, des produits pharmaceutiques et des protéines, dont des anticorps monoclonaux, il est revenu au monde académique. Il est aujourd'hui professeur associé de chimie bioanalytique à la HES-SO Valais/Wallis, où il dirige le Mass Spectrometry and Separation Sciences Laboratory (MS³L).

Il enseigne la spectrométrie de masse, les sciences séparatives, l'élucidation structurale, la chimie analytique verte et la protéomique au niveau Bachelor, ainsi que la bioanalyse en environnement réglementé et la découverte de biomarqueurs par protéomique LC-MS au niveau Master. Il encadre chaque année des travaux de Bachelor.

Recherche : Mass Spectrometry and Separation Sciences Laboratory (MS³L)

Le MS³L développe et met en œuvre la spectrométrie de masse quantitative à haute résolution couplée à des techniques séparatives avancées, afin de répondre à des défis analytiques dans les domaines biologique, alimentaire, environnemental et industriel. Le groupe associe une instrumentation robuste à un traitement des données fondé sur l'intelligence artificielle et l'apprentissage automatique ; ces travaux bénéficient actuellement du soutien d'un projet Innosuisse.

Axes de recherche :

  • Flux de travail pilotés par l'IA et l'apprentissage automatique pour le traitement des données et le développement de méthodes en spectrométrie de masse
  • Caractérisation et quantification de produits biopharmaceutiques
  • Protéomique et métabolomique quantitatives et qualitatives
  • Découverte de biomarqueurs
  • Bioanalyse (p. ex. antibiotiques)
  • Extraction et analyse des mycotoxines dans les aliments
  • Criblage de contaminants environnementaux (PFAS)

À l'interface de la chimie analytique et de la science des données, le groupe développe des méthodes reproductibles et transposables à grande échelle, forme la prochaine génération de scientifiques en analytique et collabore avec des partenaires du monde académique, de l'industrie et du secteur public.

BSc HES-SO en Ingénierie des sciences du vivant - HES-SO Valais-Wallis - Haute Ecole d'Ingénierie
MSc HES-SO en Life Sciences - HES-SO Master

En cours

Discovery of early-stage biomarkers for a periodontitis point-of-care diagnostic

Rôle: Requérant(e) principal(e)

Financement: Innocheque

Description du projet:

We aim to identify biomarkers of periodontitis while in an early and still revisible phase by developing a LC-MS metabolomics workflow specifically for gingival crevicular fluid and applying it to longitudinal samples. The results will lay the foundations for a future point-of-care diagnostic test.

Equipe de recherche au sein de la HES-SO: Miladinovic Sasa

Partenaires professionnels: Oesterle Ian, Scafra Gmbh

Statut: En cours

AIM-MS: AI-driven LC-MS for Biopharmaceutical Analysis

Rôle: Requérant(e) principal(e)

Financement: Innosuisse

Description du projet:

The AIM-MS project aims to develop and deliver to Genedata AG, a Swiss bioinformatics company, a dedicated software platform built around self-learning, AI-driven mechanisms. The platform is designed to simplify and automate the process of data analysis for LC-MS workflows.

Equipe de recherche au sein de la HES-SO: Miladinovic Sasa , Mermoud Grégory

Partenaires professionnels: Ossola Reto, Genedata

Statut: En cours

Horizon Europe - Scaling-up nutritional proteins from alternative sources

Rôle: Co-requérant(s)

Description du projet:

  • Demonstrate innovative processes for the extraction and/or production of proteins for application as nutritional food, starting from alternative sources. 
  • Address efficient and cost-effective downstream separation and purification processes (when applicable), to meet the targeted quality and stability for final applications.
  • Demonstrate nutritional adequacy of the targeted product(s) and their effect on food formulation(s) according to established testing procedures.
  • Address resource efficiency and circularity aspects to increase economic and socio-environmental added value. 
  • Test the safety of developed proteins and formulations through toxicological tests, in line with EU regulatory requirements and EFSA guidelines. Moreover, identify potential regulatory gaps and provide recommendations to overcome potential bottlenecks.
  • Include a task on consumer awareness and acceptance: involve end-users (including consumers) starting from the early stages to assess market acceptance of the novel proteins and incorporate insights in product development.
  • Ensure complementarities with past and ongoing R&I projects addressing similar challenges, including projects funded under Horizon 2020 / Horizon Europe and by the BBI JU / CBE JU.

Equipe de recherche au sein de la HES-SO: Miladinovic Sasa

Partenaires académiques: TU Delft

Partenaires professionnels: ADAMO FOODS LTD

Statut: En cours

2026

Urinary volatilomics for biomarker discovery in kidney stone patients and healthy controls
Article scientifique

Pascal Fuchsmann, Eugenia Pertziger, Hélène Y. Meng, Miladinovic Sasa, Murielle Bochud, Carsten A. Wagner, Olivier Bonny, Guy Vergères

Urolithiasis, 2026 , vol.  54, no  137, pp.  1-15

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2025

Quantitation of antibiotics in fresh fermentation medium by hydrophilic interaction chromatography mass spectrometry
Article scientifique ArODES

Nadia Marcon, Mathias Rüdt, Joachim Klein, Sasa Miladinovic

Analytical and bioanalytical chemistry,  2025, 417, 9, 1927-1934

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Résumé:

This study presents the development of a sophisticated liquid chromatography-mass spectrometry approach leveraging hydrophilic interaction chromatography (HILIC) for the quantification of kanamycin and spectinomycin in fermentation media. The method was validated per International Council for Harmonisation guidelines, demonstrating robust linearity, precision, and accuracy. To mitigate pronounced matrix effects common to complex fermentation matrices, sample preparation was thoroughly optimized with solid-phase extraction employing MCX sorbent, thereby enhancing recovery rates and minimizing analytical interference. The validated protocol demonstrated high correlation coefficients (R > 0.998), underscoring its robustness and reliability for the accurate quantification of antibiotics in challenging bioprocess environments, providing a valuable analytical tool for bioreactor system monitoring.

Quantitation of antibiotics in fresh fermentation medium by hydrophilic interaction chromatography mass spectrometry
Article scientifique

Marcon Nadia, Rüdt Matthias, Joachim Klein, Miladinovic Sasa

Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2025 , pp.  1-8

Green analytical chemistry: integrating sustainability into undergraduate education
Article scientifique

Miladinovic Sasa

Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2025

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2024

Localization of disulfide bonds in ribonuclease using low pH trypsin and LC-ESI-QTOF-MS
Article scientifique ArODES

Amélie Bornex, Sasa Miladinovic

CHIMIA,  2024, 78, 12, 881-882

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Résumé:

We evaluated a method to localize disulfide bonds in bovine pancreatic ribonuclease (RNase) by applying low pH trypsin protein digestion with a bottom-up LC-ESI-QTOF-MS approach. The goal was to minimize disulfide bond scrambling during sample preparation. By using N-ethylmaleimide (NEM) for alkylation of free cysteines, we achieved 92% sequence coverage and successfully identified the native disulfide bonds between specific cysteine residues. However, scrambled disulfide bonds were also observed. Our results indicate that while this low pH digestion method helps preserve native disulfide bonds, further refinement is needed to fully prevent disulfide bond rearrangement during sample preparation.

Green analytical chemistry : integrating sustainability into undergraduate education
Article scientifique ArODES

Sasa Miladinovic

Analytical and Bioanalytical Chemistry,  2024, 417, 4, 665-673

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Localization of Disulfide Bonds in Ribonuclease Using Low pH Trypsin and LC-ESI-QTOF-MS
Article scientifique

Amélie Bornex, Miladinovic Sasa

CHIMIA, 2024

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2023

Mycotoxin Recovery and Matrix Effect in Fava Bean Starch and Protein Isolate Measured by LC-MS/MS
Article scientifique

Miladinovic Sasa

CHIMIA, 2023

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2022

Chemical, Analytical and Pharmacokinetic Characterisation of RO7304898, an API Consisting of Two Rapidly Interconverting Diastereoisomers
Article scientifique

Katja Heinig, Filippo Sladojevich, Jeannine Schaffland, Georg Jaeschke, Alfred Ross, Philipp Koldewey, Miladinovic Sasa, Jin Wang, Caroline Rynn

Pharmaceutical Research, 2022

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Impact of charge patches on tumor disposition and biodistribution of therapeutic antibodies
Article scientifique

Jakob Stüber, Karin Rechberger, Miladinovic Sasa, Thomas Pöschinger, Tamara Zimmermann, Remi Villenave, Miro Eigenmann, Thomas Kraft, Dhaval Shah, Hubert Kettenberger, Wolfgang Richter

AAPS open, 2022

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2015

Extending the limits of quantitative proteome profiling with data-independent acquisition and application to acetaminophen-treated three-dimensional liver microtissues*[s]
Article scientifique

Roland Bruderer, Oliver Bernhardt, Tejas Gandhi, Miladinovic Sasa, Lin-Yang Cheng, Simon Messner, Tobias Ehrenberger, Vito Zanotelli, Yulia Butscheid, Claudia Escher, Olga Vitek, Oliver Rinner, Lukas Reiter

Molecular & Cellular Proteomics, 2015

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2014

OpenSWATH enables automated, targeted analysis of data-independent acquisition MS data
Article scientifique

Hannes Röst, George Rosenberger, Pedro Navarro, Ludovic Gillet, Miladinovic Sasa, Olga Schubert, Witold Wolski, Ben Collins, Johan Malmström, Lars Malmström, Ruedi Aebersold

Nature biotechnology, 2014

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2012

In-spray supercharging of peptides and proteins in electrospray ionization mass spectrometry
Article scientifique

Miladinovic Sasa, Luca Fornelli, Yu Lu, Krzysztof Piech, Hubert Girault, Yury Tsybin

Analytical chemistry, 2012

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2008

Developments in MALDI Mass Spectrometry: The Quest for the Perfect Matrix
Article scientifique

Mariccor Batoy, Evgenia Akhmetova, Miladinovic Sasa, Joseph Smeal, Charles Wilkins

Applied Spectroscopy Reviews, 2008

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2026

A Green and Robust ASE–LC–MS/MS Strategy for Multianalyte Mycotoxin Determination in Plant Protein Isolate
Conférence

Miladinovic Sasa, Marcon Nadia, Romain Gabioud, Emie Scheidegger

26th International Mass Spectrometry Conference, 22.08.2026 - 28.08.2026, Lyon, France

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Towards Greener Extraction of Mycotoxins from Protein Concentrates for LC–MS/MS Analysis
Conférence

Miladinovic Sasa

6th International Conference on Green Chemistry and Renewable Energy, 18.06.2026 - 20.06.2026, Barcelona, Spain

2025

Advanced quantitative LC-MS analysis of mycotoxins in plant-based protein isolates
Conférence

Miladinovic Sasa

ANAKON 2025, 10.03.2025 - 13.03.2025, Leipzig, Germany

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2024

Quantitative LC-MS analysis of mycotoxins in plant-based protein isolates Oral presentation
Conférence

Miladinovic Sasa

8th MS in food DAYS, 16.10.2024 - 18.10.2024, Brindisi, Italy

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2023

Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis of Proteins: Fundamentals and Applications
Conférence

Miladinovic Sasa

Euroanalysis 2023, 27.08.2023 - 31.08.2023, Geneve

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LC-MS Analysis of Antibiotics in Fermentation Medium Invited talk
Conférence

Miladinovic Sasa

Euroanalysis 2023, 27.08.2023 - 31.08.2023, Geneva

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