Description du projet:
Le but général de ce projet interdisciplinaire est de développer un outil moléculaire basé sur le séquençage ADN de troisième génération pour profiler avec précision les protistes du sol, en mettant l'accent sur ceux qui sont pertinents pour la gestion et le rendement agricole.
Nous allons développer l'approche Oxford Nanopore (ONT) au travers de trois objectifs :
1. Concevoir le protocole d'analyse utilisant ONT pour séquencer toute la longueur l'opéron ribosomique (un fragment d'ADN 10x plus long que les fragments analysés couramment).
2. Quantifier les avantages de cette nouvelle méthode en comparant les résultats obtenus avec l'approche standard basée sur le séquençage de fragments courts (obtenus avec Illumina).
3. Tester notre approche dans un cas spécifique de culture souvent affectée par une maladie du sol (la hernie du chou), et ainsi établir un lien entre le profilage microbien, les conditions environnementales et l'état de santé des plantes hôtes (chou ou autres crucifères comme le colza).
Ce projet repose sur la complémentarité idéale des activités actuelles de deux groupes de recherche. Il nous permettra de développer des compétences en lien avec le microbiome du sol, le séquençage ONT ainsi que les analyses bioinformatiques.
Avec le soutien financier d'autres institutions, notre but est ensuite de proposer un projet de plus grande envergure visant à implémenter notre approche dans le cadre d'exploitations agricoles à plus large échelle. Notre approche s'inscrit dans le développement du « smart farming » soutenu par la Confédération qui vise à optimiser les processus, augmenter les rendements et minimiser les impacts environnementaux.
Equipe de recherche au sein de la HES-SO:
Heger Thierry
, Wegmüller Sarah
, Peyrollaz Thibaud
, Kuhn Alexandre
, Adler Aline
, Scotton Sarah
, Singer David
Partenaires académiques: 425 - Oenologie; VS - Institut Sciences du vivant
Durée du projet:
15.03.2023 - 16.01.2025
Montant global du projet: 121'000 CHF
Statut: Terminé
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